"საქართველო დავიარე და დავინახე, თუ რა უზარმაზარი მასალაა განწირული დავიწყებისთვისა და დაღუპვისათვის. პირდაპირ ამიტანა ფანატიურმა მისწრაფებამ, რაც შეიძლება მეტი მომესწრო, მით უმეტეს, რომ ჩემს თანამედროვეთაგან აღარავინ მისდევდა ამ საქმეს.
სულ იმას ვშიშობდი ყველა ნაბიჯზე, აი, ეს არ დაიკარგოს, აი, ეს არ წახდეს - მეთქი. ვცდილობდი, ყველაფერი ამეწერა, გადმომეღო, ჩამეხატა, რაც შეიძლება მეტი გამომეკვლია, შემეძინა, შემემოწმებინა, არაფერი დაიკარგოს-მეთქი" - ეს სიტყვები ეკუთვნის დიდ ექვთიმე თაყაიშვილს, რომელმაც ჯერ კიდევ სტუდენტობის დროს დაისახა მიზნად ქართულ სიძველეებზე ზრუნვა.
პეტერბურგიდან დაბრუნებულმა აქტიური ბრძოლა დაიწყო საეკლესიო მუზეუმის დაარსებისთვის. 1889 წლის თებერვალში, საეკლესიო მუზეუმის ხელმძღვანელთა ინიციატივით, მცხეთაში გასვლითი ექსპედიცია მოეწყო. ექსპედიციის წევრებს სვეტიცხოვლის ერთ დროს მდიდარი ბიბლიოთეკა გაძარცვული დახვდათ, მაგრამ სამთავროს, შიომღვიმის, ჯვრის მონასტერში დაცულ ხელნაწერებს თავი მაინც მოუყარეს. მოსახლეობისაგან შეაგროვეს ძვირფასი სიგელ-გუჯრები.
მცხეთიდან, როგორც ისტორიკოსი ელდარ ბაბილაშვილი თავის ნაშრომში წერს, 58 ხელნაწერი და 59 სიგელ- გუჯრები ჩამოიტანეს. 1888 წელს მეცნიერმა მღვდელ სუხიშვილის ოჯახში მიაკვლია 973 წლით დათარიღებულ "პარხალის სახარებას".
მე-19 საუკუნის 90-იან წლებში და მე-20 საუკუნის დასაწყისში ექვთიმე თაყაიშვილი არქეოლოგიურ ექსპედიციებს აწყობს. ფეხით შემოიარა გურია, სამეგრელო, ქართლი, კახეთი აღწერა და აზომა უამრავი ეკლესია-მონასტერი. შეაგროვა უნიკალური ეპიგრაფიული მასალა. დაღუპვას გადაარჩინა მრავალი ძველი ქართული ხელნაწერი და საეკლესიო სიძველე. მას ასევე დიდი წვლილი მიუძღვის ეკლესია-მონასტრების განადგურების პირას მისული ფრესკების გადმოღების საქმეში. 1912 წლიდან 1917 წლამდე 73 ფრესკის პირი გადმოიღო და მუზეუმს გადასცა.
ჯვრის მონასტერი, მე-6 საუკუნის ეს უნიკალური ძეგლი ექვთიმე თაყაიშვილმა გადაარჩინა განადგურებას. მან გაზეთის ფურცლებზე მოწოდებით მიმართა ქართველ ერს:
"ყველამ გამოვიღოთ წვლილი, დიდმა თუ პატარამ, ერმა თუ ბერმა, განათლებულმა თუ გაუნათლებელმა, გვეყოფა ამდენი გულგრილობა ჩვენი ძვირფასი ნაშთებისადმი, მომავალი თაობა არ გვაპატიებს, თუ ეს ძეგლი ჩვენ თვალწინ დაინგრევა."
ექვთიმეს ამ მოწოდებამ შედეგი გამოიღო. შეკრებილი თანხით ჯვრის მონასტერი შეკეთდა და დანგრევას გადაურჩა.
რაც შეეხება ძველ ხელნაწერებს, 1891 წელს მან წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოების დახმარებით გამოაქვეყნა "ახალი ვარიანტი წმ. ნინოს ცხოვრებისა". ამავე წიგნში შესულია ეფრემ მცირის "უწყებათა მიზეზი ქართლის მოქცევისა თუ რომელ წიგნსა შინა მოიხსენიების". 1895 წელს კი თაყაიშვილის კომენტარებით გამოიცა "სიბრძნე ბალავარისა".
1919 წლის ივლისის მთავრობის სხდომაზე ნოე ჟორდანიას მოხსენების შემდეგ "ეკლესია-მონასტრების დაცვის შესახებ" მიღებულ იქნა დადგენილება, აღეწერათ საქართველოს ეკლესია-მონასტრების ქონება. ხაზინიდან გამოიყო 1 000 მანეთი. კომისიის თავმჯდომარედ დაინიშნა ექვთიმე თაყაიშვილი. სწორედ მას ევალებოდა ეკლესია-მონასტრების აღწერა. ამ ექსპედიციაში მან ორი თვე დაყო. აღწერა ქუთაისის, გელათის, მოწამეთას, გეგუთის, ხონის, მარტვილის, კაცხის, მღვიმის, დარკვეთის, სავანის სიძველეები. რაჭის, გურიის და საქართველოს სხვა კუთხეების ეკლესია -მონასტრები.
როგორც ისტორიკოსი ბუბა კუდავა ამბობს, არქეოლოგიურ მოგზაუროებებს, რომელსაც ექვთიმე თაყაიშვილი აწყობდა საქართველოს სხვადასვა კუთხეში, თავად დიდი მეცნიერი ექსკურსიებს ეძახდა. მკითხველს სწორედ რამდენიმე საინტერესო ცნობას ვთავაზობთ ექვთიმე თაყაიშვილის არქეოლოგიური მოგზაურობის ქრონიკებიდან, რომელიც ბუბა კუდავამ გამოაქვეყნა.
"1902 წელი - თაყაიშვილის პირველი მოგზაურობა სამხრეთ საქართველოში. მას თან ახლდნენ ხუროთმოძღვარი სიმონ კლდიაშვილი, ფოტოგრაფი მამუჩაიშვილი. გამოკვლეულ იქნა ახალციხე - ახალქალაქისა და არტაან-ოლთისის ზოგიერთი ძეგლი."
"1907 წელი. მეორე ექსპედიცია სამხრეთ საქართველოში. ექვთიმე თაყაიშვილთან ერთად ექსპედიციაში იყვნენ ხუროთმოძღვარი ანატოლი კალგინი და ფოტოგრაფი ედუარდ ლიოზენი. თაყაიშვილმა შეისწავლა კოლას რაიონის ძეგლები და დაამთავრა ოლთისის ოლქის ძეგლებზე მუშაობა. შეისწავლა ბანას ტაძარი, ქალაქი ოლთისი, ტაოსკარი, მოინახულა ფანასკერტი.
მუშაობის შედეგები ექვთიმე თაყაიშვილმა გამოაქვეყნა პარიზში 1938 წელს - "არქეოლოგიური ექსპედიცია კოლა- ოლთასში და ჩანგლში 1907 წელი". სოფელ ჩანგლში აღმოაჩინა ჯვრის ტიპის ეკლესია, რომელსაც მეტად საინტერესო ქართული წარწერები ჰქონდა."
"1908 წელი. ახლად დაარსებული საისტორიო და საეთნოგრაფო საზოგადოება აწყობს თავის პირველ არქეოლოგიურ მოგზაურობას. ექსპედიციის წევრები არიან: ექვთიმე თაყაიშვილი და არისტო ქუთათელაძე. მიემგზავრებიან სოფელ ატენში და ეცნობიან ადგილობრივ სიძველეებს."
"1913 წელი. მოგზაურობა გურია-სამეგრელოსა და იმერეთში. ამ ექსპედიციაში ექვთიმე თაყაიშვილს თან ახლდა ფოტოგრაფი თეოდორ კიუნე. გურიაში მათ შეისწავლეს შემოქმედის მონასტერი. იმერეთში - ხონი და ვანი. ექსპედიცია აგროვებდა სხვადასხვა სამუზეუმო ნივთს, არქეოლოგიურ და ეპიგრაფიულ მასალას, ხატების, ჯვრებისა და სხვა საეკლესიო ნივთების წარწერებს; სიგელ-გუჯრებს და ხელნაწერებს.
იმავე წელს, ექვთიმე თაყაიშვილი, თეოდორ კიუნე და საისტორიო-საეთნოგრაფო საზოგადოების მდივანი სერო გორგიძე შიომღვიმის მონასტერს ეწვივნენ. ექსპედიციამ გადაიღო მნიშვნელოვან სიძველეთა ფოტოები და შეადგინა შიო მღვიმელის საფლავზე აგებული ტაძრის გეგმა. იმავე წელს ექვთიმე თაყაიშვილმა არქიმანდრიტ ლაზარისთან ერთად მოინახულა დავით გარეჯის მონასტერი."
"1917 წელი. მესამე ექსპედიცია სამხრეთ საქართველოში. ექსპედიციის ხელმძღვანელი იყო ექვთიმე თაყაიშვილი. ექსპედიციაში ექვთიმეს თან ახლდნენ ხუროთმოძღვრები ანატოლი კალგინი და ილია ზდანევიჩი. მხატვრები დიმიტრი შევარდნაძე, მიხეილ ჭიაურელი და ლადო გუდიაშვილი. ექსპედიციამ შეისწავლა ხახულის მონასტერი, თორთუმის ციხე. ქართული ხუროთმოძღვრების უმნიშვნელოვანესი ძეგლები - ოშკი, ოშხანი, პარხალი, ოთხთა ეკლესია და სხვა. ექსპედიციის მიერ ჩამოტანილი მასალები საფუძვლად დაედო ძველი ქართული ხუროთმოძღვრების გამოფენას 1920 წელს."
როგორც ისტორიკოსი ბუბა კუდავა ამბობს, ეს ექსპედიცია იმითაც იყო მნიშვნელოვანი, რომ რამდენიმე თვის შემდეგ ეს მხარე კვლავ თურქებმა ჩაიგდეს ხელთ და ქართველი სპეციალისტებისათვის იგი მრავალი წლის განმავლობაში მიუწვდომელი გახდა.
საინტერესოა ერთი დეტალიც. ექვთიმე თაყაიშვილმა ექსპედიციიდან დაბრუნების შემდეგ სთხოვა ქართულ ეკლესიას, გაეგზავნა სასულიერო პირები ტაოს ქართული მონასტრების სამეთვალყურეოდ. ეკლესიამ დააკმაყოფილა თხოვნა და იქ საკუთარი სახსრებით ერთი ბერი და ორი მორჩილი გაგზავნა.
"1919-1920 წლები. არქეოლოგიური ექსპედიცია რაჭაში. ექვთიმე თაყაიშვილს ახლდა ფოტოგრაფი თეოდორ კიუნე. 1919 წელს, ზაფხულში, აღწერა რაჭის ერთი ნაწილი - ნიკორწმინდა, ბეთლეთი, აგარა, ხოტევი, ამბროლაური, ბარაკონის ეკლესია და სხვა."