ბეთანიის მონასტერის ისტორია საიდუმლოებით არის მოცული, უცნობია იმ მამთა სახელები, რომლებიც პირველად მოვიდნენ ამ ადგილზე, სადაც დღეს ტაძარია აშენებელი. მე-19 საუკუნეში კარიბჭის მახლობლად ბერებმა აღმოაჩინეს სამარხი, სადაც ერთად ეწყო ძვლები და თავის ქალები, მათგან ბევრს ცვილისფერი დაჰკრავდა, რაც ამ ადამიანთა ცხოვრების სიწმინდეზე მიანიშნებს.საიდუმლოდ არის მოცული როდის დაარსდა აქ პირველად მონასტერი ვინ ააგო და მოხატა.

ლეგენდის თანახმად, თავიდან მონასტრის აშენება მდინარის გადაღმა ერთ მაღალ მათაზე განიზრახეს, ქვა-ღორღი მთაზე აზიდეს, მაგრამ მეორე დღეს აღარ დახვდათ. დიდი ძებნის შემდეგ ტაძრის ასაგები მასალა ვერეს ხეობაში ერთად იყო დაწყობილი.

ეს სასწაული ღვთის ნებად მიიჩნიეს და ტაძარი სწორდ ამ ადგილზე ააშენეს. ამბობენ იმასაც, რომ ამ ადგილს ზაფხულობით დასასვენელად თამარ მეფე სტუმრობდა.

ისტორიული წაყრობის მიხედვით, ქართული ხუროთმოძღვრების ეს უნიკალცრი ძეგლი, ჯვარ-გუმბათვანი ბეთანიის ტაძარი აგებულია მე-12 მე-13 საუკუნეების მიჯანზე. რომელიც ორი ეკლესიისგან შედგება, ღვთისმშობლის სახელობის მთავარი ტაძარი და წმინდა გიორგის ტაძარი.

ერთ-ერთი ვერსიით, მე-11 საუკუნეში ამ ადგილას უკვე აგებული ყოფილა მცირე ზომის აგურის ეკლესია, რომელიც 1196 წელსაა აშენებელი და იოანე ორბელიანის მეუღლის რუსუდანის სახელს უკავშირდება და წმინდა გიორგის სახელობისაა.

მონასტრში შერჩენილი ფრესკები, თუ წარწერებით ირკვევა, რომ ბეთანიის მონსტერი არაერთხელ განადგურებულა და აღდგენილა.

1851 წელს გრიგოლ ორბელიანმა, ნადიროობისას შემთხვევით აღმოაჩინა ბეთანიის მონასტერი, რომელიც საუკუნეების განმავლობაში მიტოვებული იყო, ტაძარი აღადგინეს, რომელიც უნიკალურია თავის კედლის მხატვრობით და თარიღდება 1207 წლით.

საკუთრთხევლის კონქში მოთავსებული "ვედრების" კომპოზიციიდან შემორჩენილია მხოლოდ ტახტზე მჯდომი ქრისტეს ფიგურის ფრაგმენტები. საკურთხევლის აფსიდის კედლებზე გამოსახულნი არიან წინასწარმეტყველნი გაშლილი გრაგნილებით ხელში, რომელზეც ქართული წარწერებია.

ცენტრში გამოსახულია დავთი წინასწარმეტყველი, ჩრდილოეთ კედელზე დანიელი, იერემია და მოსე. ქვედა რიგში დგანან პეტრე და პავლე, იოანე ღვთისმეტყველი, მათე და მარკოზი. ჩრდილოეთ კედლის ნაწილი დაეთმო მაცხოვრის "ვნებას".

დასავლეთ კედელზე გამოსახულია "განკითხვის დღის" კომპოზიცია. სამხერთ კედელზე "ძველი აღთქმის" სამი სცენა " ამაღლება" "სულიწმინდის მოსვლა" "ღვთისმშობლის მიძინება".

ბეთანიის მონასტრის მშენებაა, გიორგი მესამის, თამარ მეფის და ლაშა-გიორგის ისტორიული პორტრეტები, მოხატულობა შესრულებულია თამარის სიცოცხლეში, ლაშა-გიორგის თანამოსაყდრედ გამოცხადების ხანაში, რომელიც თარიღდება 1207 წლით.

ლაშა გიორგის გამოსახულებს აქვს წარწერა "გიორგი მეფეთ- მეფე და ძე თამარისი". ბეთანიის მონასტერში მოხატული თამარის ეს პორტრეტი ერთ-ერთია საქართველოში არსებული მისი ოთხი ფრესკიდან. თამარის ფრესკა აღმოჩენილი იქნა, მას შემდეგ, რაც გრიგოლ ორბელიანმა ნადიროbისას ბეთანიის მონასტერს შემთხვევით მიაგნო.

ფრესკა აღმოაჩინა მხატვარმა გრიგოლ გაგარინმა ჩამონგრეული ქვეყის გასუფთავების შემდეგ. მან თავისი ხარჯებით აღადგინა თამარ მეფის ფრესკა, ასევე სხვა ფრესკები, გაკეთა ჩანახატები და წიგნად გამოსცა.

საინტერესოა კიდევ ერთი მომენტი, რომელიც ბეთანიის მონასტერს უკავშირდება - იმ ავბედითი კომუნისტების დროსაც, ბეთანიის მონასტერში ბერებს მსახურება არ შეუწყვეტიათ.